大量的降水使得九寨沟地下的碳酸盐岩地层被破坏，形成了一个极为强大的地下水系统。几乎随处可见被水切出的裂缝或洞口。水顺着溶岩的缝隙流入或流出，流出地表的部分化身为美丽的河流，沿着沟谷将一个个湖泊串联起来。水流不但为湖泊提供了补给，还带来了上文中提到的重要物质——钙。水将碳酸盐岩中的钙质溶解，在沿途不断沉积，所形成的沉积物被称为钙华。钙华黏附于岩石、湖底，甚至附着于跌落于水中的树木上。
一万年前，钙华沉积逐步进入稳定期。今天我们所看到的九寨沟的钙华，绝大部分都形成于这一时期。小小的钙华积少成多，开始显现出极强的破坏力。它们累积成堤坝，将河流切割得支离破碎，却也创造出了新的风景。
几十年前，人类带着现代伐木工具进入九寨沟。1968—1979年的12年间，人们每年以超过10万立方米的速度砍伐林木。森林整片整片地消失，水土流失、泥石流灾害加剧，沟内的海子有三分之一发生干旱。直到1978年建立自然保护区，1992年被列入世界遗产，九寨沟地区大规模的人类破坏才逐渐被消除。